การรักษาคลองรากฟัน คือการกำจัดการอักเสบและติดเชื้อภายในคลองรากฟัน เพื่อให้ฟันธรรมชาติสามารถคงอยู่ได้ การรักษาคลองรากฟันมีวิธีการโดยการกำจัดเนื้อเยื่อในโพรงประสาทฟันที่อักเสบและติดเชื้อ จากนั้นทำความสะอาดและทำให้คลองรากฟันปราศจากเชื้อ แล้วจึงทำการอุดปิดคลองรากฟันเพื่อป้องกันการติดเชื้อซ้ำอีกครั้ง